Většina BIOSu je výrobci základní desky dodávána ve formě tzv. Flash, což znamená, že lze programově BIOS měnit. Výrobce základní desky pak dodává nové verze BIOSu, čím je v jistých mezích umožněn průběžný upgrade. Především z důvodu možné virové infikace je zápis do těchto flash pamětí chráněn jumperem na základní desce. U některých základních desek je dokonce zápis do těch 8kB BIOSu nutných k nabootování chráněn zvláštním jumprem, aby i v případě neúspěšné změny BIOSu byl počítač ještě schopen nabootovat a pokus o upgrade zopakovat.