Pokud je infikován

počítač nastavený pro spouštění více systémů, na kterém je nainstalován
systém Windows 2000, nějakým virem napadajícím MBR nebo spouštěcí sektor,
když běží jiný operační systém, jsou Windows 2000 vůči poškození bezbranné.
Jakmile se aktivují ovladače chráněného režimu diskum virus se nemůže zkopírovat na
jiné pevné disky nebo diskety, protože se pro přístup k disku nepoužívá mechanismus
BIOSu, na kterém je virus závislý. Samozřejmě viry, které se spouští během spouštění
počítače, jsou pro počítače s Windows 2000 hrozbou, protože je výkonný proces viru
spuštěn dříve, než se Windows 2000 zavedou.